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肠道菌群和人体内正常菌群都能代谢氢气，代谢氢气包括合成氢气和利用氢气或同时拥有合成利用氢气的能力。其次，氢气能促进肠道蠕动，而肠道蠕动是影响肠道菌群的重要因素。因此肠道菌合成氢气可以影响人体健康。

氢气是肠道菌群的核心代谢物质，所以氢气对肠道菌群的健康具有重要地位。肠道细菌也是自然界常见细菌类型，大约50%的肠道细菌存在代谢氢气的能力和潜在能力，主要是这些细菌基因组中都含有能代谢氢气的氢化酶基因。

许多大肠杆菌含有氢化酶基因，一旦肠道细菌获得碳水化合物，第一类代谢产物就包含氢气。