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肠道细菌是体内氢的唯一来源，机体内大量的肠道菌群每天可以通过发酵未被吸收的碳水化合物来产生大约150mL的氢气，随后排泄出人体或者被结肠菌群吸收而进一步代谢。与其余气体性细菌产物相比,氢气能够改善肠管的运动性而抗菌治疗能够显著减少肠道氢气的产生。小鼠胃和肝脏的氢分子浓度为20~80μmol/L,这些氢分子被血液吸收后运送到身体各部分，发挥内源性抗氧化物质的作用。

虽然人类和许多动物的胃肠道本身可以产生氢气，但到目前为止，并没有证据证明它有明显的治疗效果。然而研究表明,通过诱导胃肠道产生更多的氢气，可以治疗一些疾病。Kajiya等研究发现,通过给动物补充可产生氢气的细菌,诱导胃肠道产生更多氢气，可以抑制ConcanavalinA诱导的肝脏炎症反应。该研究者还发现，通过饮用富氢水可以获得比诱导胃肠道产生氢气更有效的治疗效果。与补充外源性氢相比，内源性氢效力低并且产氢菌的腔内管理有细菌过度生长的风险。所以，目前大多数的研究主要是围绕补充外源性氢开展的。

已有研究表明，运用氢分子治疗可以改善葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导的小鼠炎症性肠病，小鼠结肠短缩、体重减轻的情况明显好转。氢分子可以抑制 DSS介导的结肠组织破坏，炎症细胞对黏膜层的浸润也明显减少，但其确切机制尚未完全明确,本课题组正对其展开深入研究，为氢分子用于炎症性肠病的临床治疗提供重要的理论支持。